原杨陵镇火车站始建于1936年，当初的名字叫“武功车站”，至今在火车站的北站台上，还保留着由我国?著名水利专家李仪祉题写的“武功车站”的石碑，上世纪80年代初改名为“杨陵镇火车站”沿用至今。1997年，国务院批准在杨陵镇的基础上设立国家级农业高新技术产业示范区，后经省政府研究，决定将示范区名称中的“陵”字更改为“凌”，寓意”壮志凌云”、“奋发腾飞”。要求在今后的招商和宣传中，示范区名称一律规范为“杨凌”。但火车站的名称却没有更改，仍称为“杨陵镇火车站”。从此就出现了罕见的“路、地”名称不一致的现象。
据杨凌示范区管委会一位工作人员介绍，“杨陵镇”这个称谓是在武功县管辖时出现的，如今“杨陵镇”建制早已不存在。如果铁路部门继续沿用老的名称，会让外地客商搞不清“杨陵镇”与“杨凌”是不是同一个地方。为此，示范区曾多次与铁路部门协商，希望保持“路、地”名称一致。据悉，这一情况已经引起了铁路有关部门的重视，表示尽快解决。位于杨凌示范区内，在候车面积、功能设施、整体形象等方面已经不能满足城区发展和旅客出行的需要。特别是铁路提速后，很多中间站停止客运作业，西安至宝鸡间目前办理客运作业的仅有咸阳、兴平、武功、杨凌、蔡家坡等为数不多的几个车站，咸阳距离西安太近，而杨凌车站东距西安85km，西距宝鸡88km，地处西宝段中间。
其于以上原由，为了改善杨凌示范区铁路客货运条件，优化投资环境，满足杨凌示范区日益发展的物流需要，在铁道部和陕西省的大力支持下，路地双方共同投资2200多万元，对杨凌火车站进行扩建改造。
